El Tribunal también quitó dos diputaciones federales al partido en el poder en Ciudad de México y Nuevo León
Los magistrados de la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF) ratificaron la sentencia de la Sala Regional, en la que se determinó quitar la victoria de la elección de la diputación federal por el distrito 01 a la candidata de Juntos Haremos Historia, Mercedes Maciel, y entregársela a Marco Almendáriz Puppo, abanderado de la alianza Unidos Contigo.
A finales de julio, la Sala Regional Guadalajara revocó la victoria de Mercedes Maciel (Morena-PT) y ordenó la entrega de constancia de mayoría a Marco Puppo (PAN-PRI-PRD).
El Juicio de Inconformidad SG-JIN-86/2021 promovido por el Partido Acción Nacional (PAN) solicitó la modificación de dos casillas, 22 contigua 1 y 442 contigua 1, por discrepancias en la cantidad de votos obtenidos por dos partidos y la cifra capturada oficialmente.
El instituto político solicitó la anulación de la casilla 94 contigua 2 por agravio relativo a recibir la votación personas u órganos distintos a los facultados. Denunció que la ciudadana, Yadira Jazmín González López, quien se desempeñó como primera escrutadora, no aparece en el listado nominal ya que no pertenece a esa sección.
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También requirió la anulación de la casilla 171 básica por el agravio relativo a ejercer violencia física o presión sobre los miembros de la mesa directiva o sobre los electores.
El PAN exhibió que en esa casilla, Bertha Montaño Cota fungió como primera secretaria a pesar de que en ese momento todavía era delegada regional en La Paz de la Secretaría de Bienestar.
La Sala Regional aprobó por unanimidad de votos modificar los resultados de las casillas contigua 1 y 442 contigua 1, y de anular la 94 contigua 2 y 171 básica.
Posteriormente, Mercedes Maciel impugnó la decisión del TEPJF, sin embargo, las y los magistrados de la Sala Superior votaron a favor de mantener la primera sentencia. Con esto se confirma que Marco Puppo quedó electo como diputado federal por Baja California Sur.
Mientras que en el caso de la Ciudad de México, los magistrados le quitaron la diputación federal a Gabriela Jiménez, a favor de la panista Wendy González; además revocaron el triunfo a José Luis García Duque (Morena-PT-PVEM) del Distrito 3 en Escobedo, Nuevo León, y se le asignó a Wendy Cordero, del PAN.