Aunque el Grupo Coordinación de Baja California conocía previamente de la filiación criminal de Juan Lorenzo Vargas Gallardo “El Chan” con el Cártel Arellano Félix, no lo hicieron público hasta el año 2009, porque había sido agente ministerial al servicio de la Procuraduría del Estado de Baja California. Lo corrieron de la PGJE desde 2006, pero lo expusieron hasta el 17 de diciembre de 2009 cuando un grupo armado secuestró de su casa al veterano agente ministerial Lorenzo Vargas Romero. Criticados por no poder proteger a sus oficiales, la respuesta de las autoridades fue que a Vargas Romero no lo habían privado de la libertad por su trabajo, ni para amenazar a las autoridades; se lo habían llevado los matones de Eduardo García Simental “El Teo” para que su hijo “El Chan” liberara a otro secuestrado y dejara de apoyar a Juan Sillas en la pugna mortal interna que desde abril de 20085, protagonizaban células del CAF y “Los Teos”. Conforme a los reportes de las áreas de inteligencia del Consejo Estatal de Seguridad, desde antes de 2006, Vargas Gallardo funcionaba como cabecilla de una de las células delictivas del CAF y, tras su salida de la PGJE, continuó siendo el contacto del cártel con los ministeriales corruptos. Sin embargo, no le fincaron cargos. Fue detenido el 21 de diciembre de 2010, pero presentado como testigo, después que asesinos al servicio de “Los Teos” acribillaron a sus primos Adrián Vargas Gómez y Omar Alejandro Vargas Gómez, mientras custodiaban el domicilio donde “El Chan” departía con cuatro amigos, incluida la actual directora del Instituto para la Mujer (INMUJER), la priista Liliana Sevilla. Declaró y fue liberado sin problemas. El 21 de octubre de 2013 fue capturado nuevamente, y consignado por la posesión de un rifle calibre 7.62 por 39, y una pistola calibre 9 milímetros. El martes 27 de agosto de 2014, las autoridades locales informaron que Juan Lorenzo Vargas Gallardo sería liberado, como parte del protocolo para que las fiscalías tuvieran oportunidad de verificar si tenía pendientes en algún otro cargo, en otra instancia, por el que debiera ser retenido; pero no los hubo, ante lo cual debía regresar a las calles el jueves 28 de agosto de 2014. Vargas se suma a la lista de presuntos criminales que han sido detenidos y liberados, días, meses o años después, de cargos por falta de elementos. Esa galería incluye a personajes como Manuel Garibay Espinoza “El Meño”, Manuel López Núñez “Don Balas”, Candelario Arceaga Aguirre “El Cande”; los narcomenudistas Alberto Ávila Alvarado “El Chacal”, Luis Manuel Toscano Rodríguez “El Mono”, Miguel Ángel García Rodríguez “El Lito” y Javier Flores Hernández “El Lentes”.
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