Conagua niega polución, pero busca bacterias asociadas a materia fecal y metales pesados. La presa tiene materia orgánica cuyo origen no está claro; puede ser por escurrimientos irregulares de fertilizantes o pesticidas de zonas agrícolas y de agua residual doméstica, incluso de las instalaciones del Parque Esperanto, si no están conectadas a un cárcamo de bombeo para sacar los desechos, según el biólogo e investigador de la Universidad Autónoma de Baja California (UABC), José Augusto Valencia, y el ingeniero bioquímico del Centro de Innovación y Gestión Ambiental (CIGA), José Carmelo Zavala Álvarez
