La Procuraduría General de Justicia y la Secretaría de Seguridad Pública del Estado, eran parte de la estructura del gobierno estatal. Cuando en el Congreso de Baja California crean la Fiscalía General del Estado (FGE), esta no contaba de entrada con autonomía financiera, pues la Ley indica que el gobierno debe iniciar un proceso para entregar a esta, todos los bienes que fueron de la PGJE y de la SSPE.
