Hernández Flores fue detenido el 6 de octubre del 2017, en Ciudad Victoria, Tamaulipas, acusado de peculado y operaciones con recursos de procedencia ilícita
José Guadalupe de la Cruz Bocanegra, juez Segundo de Primera Instancia del Ramo Penal del Primer Distrito Judicial del Estado, con sede en Ciudad Victoria, ordenó liberar al exgobernador de Tamaulipas, Eugenio Hernández Flores, exonerándolo de los delitos de peculado y operaciones con recursos de procedencia ilícita.
