Hace más de 40 años se firmó a nivel internacional el convenio de protección a los humedales, derivado a la importancia que éstos dan a la flora y fauna, pero también a la necesidad de los pueblos que habitan muy cerca de ellos. La comisión nacional de áreas naturales protegidas CONANP a nivel nacional atiende 138 sitios Ramsar y entre las entidades con mayor número de humedales en el país se encuentra BCS. Sin embargo del mismo modo que la mayor parte del territorio sudcaliforniano está cubierto por 11 sitios Ramsar, éstos están amenazados por las actividades humanas. El coordinador del programa de conservación de tierras de Niparajá A.C., Francisco Olmos, asegura que la contaminación es el principal problema de estas zonas. “Hay muchas razones por el cual el humedal ya está siendo impactado por el hombre, hay factores humanos y hay indirectamente por humanos que la están afectando, en el sentido más de contaminación por basura, por los arrastres de las mismas corridas importantes después de las lluvias grandes, por las especies introducidas, tanto de flora como fauna”. De los 11 sitios, se enumeran Laguna Ojo de Liebre y San Ignacio en el municipio de Mulegé, Parque Nacional Bahía de Loreto, el Oasis Sierra la Gigante en el municipio loretano, en Comondú humedal Los Comondús y el Oasis de la Sierra del Pilar, en La Paz Balandra y los humedales del mogote y la ensenada de La Paz. Mientras que en Los Cabos el parque nacional Cabo Pulmo y el sistema “ripario” de la cuenca y estero de San José del Cabo.
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